Conçu pour répondre au programme d'urgence de 1945 visant à équiper l'armée de l'air soviétique d'un intercepteur monoplace à réacteur, le Su 9 présentait un air de famille indéniable avec le Messerschmitt 262. Mais c'était un appareil totalement nouveau très supérieur à son inspirateur et considéré comme l'un des projets tirant le mieux partie des faibles moyens de l'époque. Ce biréacteur, propulsé par deux moteurs RD 10 (ex Jumo 004) pouvait également emporter 500 kilos de bombes et était équipé d'un siège éjectable. Deux appareils furent construits.

Le premier vol se déroula, sans incidents, en août 1946 aux mains du pilote d'essai G.Kochyetkov, un autre prototype participera à la parade aèrienne de Tushino le 3 juillet 1947.
Certaines modifications furent apportées au projet initial fin 1946, la plus importante étant sa remotorisation avec deux groupes de fabrication soviétique Lyulka TR-1 de 1300 kgs/poussée. Rebaptisé Su 11, le prototype devait effectuer son premier vol le 28 mai 1947. Un seul exemplaire en fut construit. Dernière évolution connue de l'appareil, le Su 13 était prévu pour accueillir deux turboréacteurs RD500 (Rolls Royce "Derwent") de 1570 kilos de poussée. Le prototype ne fut, semble t'il, jamais construit.

Convaincu par les qualités du Su 9, le NII devait en recommander la mise en production le plus rapidement possible, malheureusement Staline n'y voyait qu'une copie du Me 262 (avion jugé dangereux par les pilotes soviétiques). Cette méfiance fut d'ailleurs confortée auprès du dirigant par le constructeur concurrent Yakovlev et condamna les Su 9 et 11 à rester à l'état de prototypes.
Le même sort sera réservé, quelques mois plus tard au prototype de chasseur tout-temps Su 15. Ces "échecs" conduiront à la fermeture des bureaux d'études en novembre 1949. Sukhoi devant rester en "disgrâce" jusqu'à la mort de Staline.
Les appelations Su 9 et Su 11 seront reprises en 1956 pour désigner un tout nouvel appareil, produit en grande série,
celui ci sera baptisé "Fishpot" dans la terminologie de l'OTAN.